Wiki Admin to the rescue!
Согласно сюжету СА, Эггман разбудил Хаоса со злыми намерениями, что, в принципе, и послужило причиной его злобы. Положительная энергия И.Х. (через Супер Соника) нейтрализовала эту злобу, вновь сделав Хаоса добрым.
А если вспоминать насчёт клана Наклз... Его, вроде, раозлило то, что клан решил захватить Изумруды Хаоса и, в итоге, чтобы он всё не уничтожил, Тикал запечатала его и себя в И.Х.
Вот тут точно не помню, но отрицательная энергия, вроде, была нейтрализована.
Если ошибаюсь, то поправьте.